داستان بازی بعد از خرابی هایی که در سیاره مریخ روی می دهد ، آغاز می شود. UAC تمامی فعالیت های خود را در این سیاره متوقف کرده و همه افرادی که در این سیاره زندگی می کردند پا به فرار گذاشته اند. با این وجود اتفاقاتی که در این سیاره می گذرد زیر نظر UAC می باشد و در یکی از همین روزها آنها شروع به دریافت سیگنال هایی قوی و ناشناس از سیاره مریخ می کنند. به همین دلیل دانشمندان شروع به انجام تحقیقات کرده و برای کسب اطلاعات بیشتر گروهی را براي اكتشاف به این سیاره می فرستند که به طور قطع قهرمان نسخه جدید این بازی نیز در این گروه قرار دارد.
