از قابل توجه ترین مشکلات جوشکاری در مقایسه با پیچ و مهره چرب شدن آهن بوسیله دوده مونوکسید کربن است و عمل جوش بر روی سطوح چرب باعث پایین آمدن راندمان جوشکاری می شود ولی با تمیز کردن مداوم و با استفاده از حلال های مناسب این مشکل تا حدودی برطرف خواهد شد ولی باز هم این عمل هزینه،وقت و دقت اضافی خواهد داشت. مشکل دیگر اینکه چنانچه سرعت باد بین 1 تا 7 کیلومتر در ساعت باشد جوشکاری به درستی صورت می گیرد اما در صورتی که سرعت باد بالا رود پاشش صورت گرفته و عمل درستی انجام نمی پذیرد .در حالیکه در ساخت سازه های پیچ و مهره این کار به راحتی انجام می شود. یکی دیگر از عمده ترین مشکلات در جوشکاری نوع و نحوه استفاده از الکترودها وتنظیم مقدار مناسب ولتاژ ورودی برای جوشکاریست . فرد جوشکار باید از نظرعلمی بداند از چه الکترود مناسبی برای کار خود استفاده نماید و به چه میزان ولتاژ برق کار خود را با نوع الکترود و نوع محل اتصال تنظیم و همخوانی نماید. بنا براین نمی توان با یک دستگاه و یک ولتاژ از هر سیم جوشی استفاده نمود.و نکته دیگر اینست که پیچ و مهره سرو صدا ندارد. در ساختمان های سنتی برای جوشکاری از دیزل ژنراتورهایی استفاده می کنند که با گازوئیل کار می کنند و اغلب سرو صدای زیادی دارند که این امر باعث نا رضایتی ساکنان آن حوالی می شود اما در اتصال های پیچ و مهره ای دیگر صداهای از این قبیل تولید نمی شود و همچنین روند سرعت کار نیز افزایش می یابد.
