نرم افزار افتر افکت شامل مد های رنگی ویژه ای است که می تواند وضعیت قرار گیری لایه های مختلف را روی هم بر اساس یک مد رنگی از پیش تعریف شده با هم تلفیق نماید. بر اساس این مد ها که شرح مهمترین آنها در زیر آمده است، شما می توانید از توانایی این نرم افزار برای تلفیق لایه های مختلف تصویری استفاده کنید. برای اینکار لازم است در مقابل هر لایه مقدار مد را روی حالت مناسب آن قرار دهید. اگر وضعیت مد ها را مشاهده نمی کنید لازم است که کلید Switch را در پایئن صفحه کلید یکبار کلیک کنید تا این وضعیت دیده شود. Normal: این مود یک حالت پیش فرض است، و با ویرایش و رنگ آمیزی هر پیکسل، یک رنگ نهایی ایجاد می کند که مستقل از پیکسل زیرین است و روی انرا پوشش داده و از دیده شدن آن جلوگیری به عمل می آورد. Dissolve: رنگ نهایی در این مود در اثر جایگزینی تصادفی لایه جاری با لایه زیرین عمل می کند و باعث ترکیب شده اتفاقی دو لاهی با هم می شود. از اینرو مونتاژ کار حاصل نهایی کار را نمی تواند پیش بینی کند لذا الگوریتم منطقی آن یک حال رندومیک است. در صورتیکه لایه بالا از یک گرادیان رنگی تشکیل شده باشد این مود عملکردی را از خود نشان نمی دهد. Darken: با در نظر گرفتن اطلاعات رنگی لایه بالاتر و لایه زیرین، رنگ تیره تر را در هر پیکسل بر هم نهاده شده لایه بالاتر بر روی لایه پایین تر، انتخاب می کند، لذا در این مود، هر پیکسلی که تیره تر باشد در ساخت تصویر نهایی حاصل از تلفیق دو لایه استفاده می شود و لایه ای که پیکسل آن در یک قسمت روشن تر باشد، آن قسمتش را از دست می دهد. Multiply: این مود با در نظر گرفتن اطلاعات هر پیکسل رنگی، مقدار آن را در لایه زیرین ضرب می کند. بنابراین توقع داریم که رنگ نهایی در لایه تلفیق شده تیره تر از هر دو لایه به تنهایی باشد. عمدتا زمانی که رنگ لایه بالاتر به علت کیفیت نا مناسب تصویر برداری روش تر از حد انتظار باشد، می تواند این لایه را در لایه زیرین خودش که عمدتا یک لایه Solid به رنگ خاکستری روشن است با این مود تلفیق کرد. Color burn: این مود بر اساس لایه بالاتر رنگ ها راتیره تر کرده و دو لایه را در هم ادغام می کند که نتیجه کار معمولا تیره تر می شود ولی نه به اندازه مود Multiply، هنگامیکه multiply جلوه مناسبی نبود می توان از این مود استفاده کرد0 Linear burn: این مود رنگ های لایه بالاتر را با کاهش روشنایی تیره می کند تا رنگ لایه پایین انعکاس پیدا کند، این مود در مورد رنگ های سفید خالص تغییری ایجاد نمی کند. Lighten: با در نظر گرفتن اطلاعات رنگی لایه بالاتر و لایه زیرین، رنگ روشن تر را در هر پیکسل بر هم نهاده شده لایه بالاتر بر روی لایه پایین تر، انتخاب می کند، لذا در این مود، هر پیکسلی که روشن تر باشد در ساخت تصویر نهایی حاصل از تلفیق دو لایه استفاده می شود و لایه ای که پیکسل آن در یک قسمت تیره تر باشد، آن قسمتش را از دست می دهد. Screen: این مود با در نظر گرفتن اطلاعات رنگ در هر کانال رنگ لایه پائین تر در عدد متمم رنگ لایه بالاتر، ضرب می نماید، رنگ حاصله همیشه روشن تر می شود. تاثیر ایجاد شده توسط این لایه عمدتا به از دست رفتن کانال های سیاه در لایه بالاتر می شود. برای مفهوم سازی آن می توان به تاثیر مواد سفید کننده بر روی البسه اشاره کرد. Color Dodge: برای انعکاس رنگ های کانال پائین تر از روش کاهش کنتراست آنها و روشن تر کردن لایه بالاتر استفاده می شود. حاصل کار همیشه روشن تر است. Linear dodge: این مود با افزایش روشنایی، رنگ لایه پائین تر را روشن تر می کند تا رنگ لایه بالاتر انعکاس و درخشندگی پیدا کند، اما در رنگ های سیاه تغییری ایجاد نمی کند. Overlay: این مود بر خلاف سایر مودهای شرح داده شده، با حذف رنگ عملیات خود را انجام نمی دهد. بلکه تلفیق به شکل نسبتی از هر دو لایه صورت می پذیرد.
