دو نوع جدول MySQL متفاوت وجود دارد. جدول های تراکنش مطمئن (TST) و جدول های تراکنش نامطمئن (NTST). جدول های تراکنش مطمئن امکان بازیابی داده های از دست رفته را فراهم می کنند، و می توانید یک عمل عقب گرد برای برگشت تغییرات انجام شده اجرا نمایید. جدول های تراکنش نامطمئن بسیار سریعتر بوده و به حافظه کمتری جهت پردازش به روزرسانی ها نیاز دارند؛ اما تغییرات دائمی بوده و در صورتی که اشتباهی رخ دهد روش واقعی برای برگشت داده ها وجود ندارد. MySQL موتورهای ذخیره سازی متفاوتی برای ذخیره و بازیابی داده ها دارد، پنج موتور رایج عبارتند از : MyISALM , MERGE, MEMORY , InnoDB , BDB اگر در رابطه با سایر موتورها کنجکاو هستید، دستور SHOW ENGINES را در MySQL برای مشاهده موتورهایی که در نسخه نصب شده ی شما قابل استفاده هستند وارد کنید. MyISAM این موتور ذخیره سازی پیش فرض است و معمولا برای نیازهای کاربران سطح متوسط کافی است. تمام انواع فیلدها، پارامترها و توابع معمول و رایج را پشتیبانی می کند. همچنین جدول های تراکنش نامطمئن را پشتیبانی می کند. MERGE این موتور ذخیره سازی چندین جدول یکسان MyISAM را ممکن می سازد، این موتور جدول های تراکنش نامطمئن را پشتیبانی می کند. MEMORY به دلیل سرعت باورنکردنی اش بیشتر برای جدول های موقتی به کار می روند. اما تعداد زیادی از ویژگی های جدول MyISAM را پشتیبانی نمی کند، همانند ستون های auto_increment و blob/Text . این نوع جدول ها تنها باید در شرایط خاص استفاده شود. مثلا ممکن است زمانی که با logهای کاربران کار می کنید و می خواهید اطلاعات را جهت ارسال داده ها در یک جدول موقت نگهداری کنید، اما لزوما نیاز به نگهداری داده ها برای زمان طولانی ندارید، می توانید از این جدول ها استفاده کنید. جدول ها در حافظه نگهداری شده و در صورت قطع ارتباط با سرور از بین می روند. این موتور ذخیره سازی جدول های تراکنش نامطمئن را پشتیبانی می کند. InnoDB این نوع جدول ها تراکنش مطمئن را پشتیبانی می کند و برای برنامه های بسیار بزرگ به کار می رود. این روش از مکانیزم قفل کردن سطر برای جلوگیری از انجام تغییرات در یک سطر یا اضافه کردن یک سطر در جدول توسط کاربران مختلف استفاده می کند. به گزارش وب سایت MySQL، یک نمونه از این نوع جدول برای پشتیبانی از ۸۰۰ عمل درج و بروز رسانی در هر ثانیه می تواند استفاده شود. برای اطلاعات بیشتر در مورد InnoDB می توانید به وب سایت آن رجوع کنید. ( InnoDB Website???Home) BDB BDB یا BerkeletDB ( و یا Berkeley DB) ، نوع دیگر جدول است که جداول تراکنش مطمئن را پشتیبانی می کند. این موتور ذخیره سازی را می توانید از وب سایت آن (Oracle | Hardware and Software, Engineered to Work Together) دانلود کنید. همانند جدول های InnoDB، برنامه های بسیار بزرگ با هزاران کاربر در یک زمان را پشتیبانی می کند.
